Oficialmente, a Associação de Cirurgia Pediátrica do Estado do Rio de Janeiro (CIPERJ) foi nomeada assim somente na gestão do presidente Sergio Muniz de Brito, que dirigiu a entidade no biênio 1974/75. Porém, desde que a Associação Brasileira de Cirurgia Pediátrica (CIPE) foi fundada, em 30 de janeiro de 1964, os cirurgiões pediátricos do Estado da Guanabara e do Rio de Janeiro possuíam uma organização.

A CIPE no início delegava vice-presidências regionais, sendo que no caso do Rio de Janeiro e da Guanabara, a região era considerada Leste-Sul. No dia 2 de setembro de 1964, o Dr. Fernando José Ginefra assumiu a vice-presidência da região Leste-Sul, se tornando o primeiro médico a comandar uma entidade regional de cirurgia pediátrica nos Estados do Rio de Janeiro e da Guanabara.

Somente a partir de 1972 que surgiram as associações regionais. Inicialmente, os cirurgiões pediátricos dos Estados do Rio de Janeiro e da Guanabara nomearam a entidade como Sociedade Brasileira de Cirurgia Pediátrica Regional da Guanabara (CIPEG). O primeiro e único presidente da Cipeg foi o Dr. Euro Carvalho Leal.

Em 1974, o Dr. Sérgio Muniz de Brito assumiu a presidência e instituiu a Associação de Cirurgia Pediátrica do Estado do Rio de Janeiro (CIPERJ).

Desde sua criação, a CIPERJ tem como principal objetivo unir a classe no Estado do Rio de Janeiro, lutando por seus direitos e, principalmente, por condições de trabalho ideais. Além disso, a entidade é responsável pela atualização de seus associados. Para isso, realiza reuniões científicas e divulga cursos e eventos que sejam importantes para o desenvolvimento do profissional.